274 ENA:欧洲核苷酸序列数据库(European Nucleotide Archive),由欧洲分子生物学研究室(European Molecular Biology Laboratory,EMBL)开发并维护. DDBJ是日本DNA数据库(DNA Data Bank of Japan),由日本国立遗传学研究所(National Institute of Geneics, NIG)开发并负责维护.

9 cif文件记录了很多有价值的信息,但其实在第一性原理计算的过程中,最重要的信息其实只有 原子坐标位置 和 晶胞参数 比较重要.具体的cif文件包含了什么信息和如何获取cif我们之前进行了介绍,大家可以点击链接查看 MS建模教程第二期——CIF文件的获取 而在聊分子对接虚拟筛选、分子动力学模拟等课题的时候,经常有同学对于PDB文件是啥感到茫然.为何我都给出了测到的蛋白质的序列,还需要提供什么PDB文...

4 PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称PDB) PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库

14 蛋白质数据库的惯例要求包含cryst1和scale记录,但是这些记录上的值是没有意义的(这些是晶体结构相关指标). REMARK 300 :奇奇怪怪这是在介绍remark350吗? REMARK 350 :一个完整的多聚体的坐标代表了已知的生物学上重要的分子寡聚状态,可...

8 PDB (蛋白质晶体数据,应有尽有) 3、KEGG (基因组、信号通路等信息) 4、Genecards (基因数据库) 5、Gene Ontology (基因、信号通路) 03 蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站 1、NCBI Blast (常用) 2、Clustal Omega (好用) 蛋白序列、DNA...

60 最近在学习山东大学的MOOC课程《生物信息学》,这个课程特别良心,讲解... 2.2 一级蛋白质结构数据库 蛋白质结构数据库(protein data bank, PDB)是全...

64 人类基因组以及多种模式生物、重要生物基因组全序列的完成,标志着生... 24. PDB(Protein Data Bank)网址:简介:PDB是蛋白结构数据库,由结构生物...

1 cif文件在聊第一性原理计算课题的时候,最常问的一句话就是,你有没有这个... 01NCBI的结构数据库:简介:该数据库包含来自多种来源的蛋白质序列记录,...

(RCSB Protein Data Bank)蛋白质结构数据库(PDB数据库)成立于 1971 年.在最初的几年里,数据库规模非常小,包含一些开创性的结构.对于每个结构...

8 整理不易,有用的记得点点赞哈哈,谢谢!序列数据库:The Consensus CDS protein set database:在人类和小鼠参考基因组组合上以相同注释的蛋白质编...