26 一、数据处理 STRING可以输入单个蛋白质或蛋白质集,今天以割手密的MYB基因家族蛋白质序列为例. 在STRING分析页面中 (1)选择“Multiple sequences”,进行多条蛋白质序列互作关系分析. (2)输入蛋白质序列文件,也可以选择手动粘贴到上方输入框中. (3)选择分析物种,如果所要分析的物种不在STRING数据库中可以选择相近的模式物种或同属科的其它物种.数据库里没有割手密,...

13 STRING(STRING: functional protein association networks (http://string-db.org )) 首先打开数据库,会显示出主页如图所示.左侧有输入选项,可以根据你感兴趣单个或多个蛋白的名字,序列去搜索.以蛋白名字为例,输入EGFR蛋白,并且选择数据来源为人.然后...

22 String数据库(https://string-db.org/ )是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库.既包括蛋白质之间的直接物理相互作用,也包括蛋白质之间的间接功能相关性,数据库目前已经更新到Version 11.0b,应用范围2090个物种,包含24'584...

78 基本检索 我们在打开数据库之后,在菜单栏可以看到很多种来进行相互作用关系预测的选项.如果我们有一个目标蛋白,想要查看这个蛋白的可能的相互作用蛋白可以选择 Protein by name ;如果我们有很多蛋白,想要查看这些蛋白之间的相互作用关系,那就可以选择 Multiple proteins . 由于我们在之前的差异表达分析的时候,可以得到很多基因,所以我们这里选择 Multiple protei...

14 2. 导入互作网络数据库: 安装完成后,导入互作网络数据库.选择菜单栏中的File--Import--Network--Public database. 3. 属性选择: 弹出的属性选择框中,Data Source = String:protein query,输入要分析的蛋白/基因名.根据需要选择Confidence Score,代表蛋白间相互作用强弱的值,Cut-off值设定默认0.4(med...

5 使用STRING构建蛋白互作网络(PPI)STRING 链接 数据集我使用R语言包clusterProfiler中经常用作示例的基因列表 获取gene symbol的代码将gene symbol上...

9 在得到我们感兴趣的基因集后,除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关,还可以进行PPI蛋白互作网络(PPI, Protein-Protein ...

1. 效果展示通过利用差异分析结果,使用STRINGdb包挖掘蛋白交互关系,使用visNetwork构建互作网络,并利用RPubs将网络上传至服务器,实现蛋白互作...

24 蛋白质互作网络分析对了解蛋白质功能、关系有重要意义.一般来说,现在分析蛋白质互作网络使用的是string在线数据库进行分析,而后再使用cytoscape对...

16 STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图(PPI).今天...